En 1960, le musée lapidaire, créé en 1783 par l’Académie de Bordeaux, est regroupé avec le Musée préhistorique et ethnographique et le musée d’armes et objets anciens. Sous l’impulsion de Georges-Henri Rivière, il prend le nom de Musée d’Aquitaine : Musée d’Archéologie, d’Histoire et d’Ethnographie en 1962.
Dans un premier temps, le musée partage les locaux du musée des Beaux-Arts dans un bâtiment réalisé par Charles Burguet.
Puis, le 9 janvier 1987, le musée emménage dans les locaux de l’ancienne faculté des lettres et des sciences.
