Le musée de Bretagne était situé initialement au sein du palais universitaire, quai de la Vilaine, avec le musée des Beaux-Arts de Rennes. Il a déménagé pour être installé dans le bâtiment des Champs Libres en 2006.
Après la Seconde Guerre mondiale, les musées d’ethnographie régionale trouvent un nouvel élan grâce à la Direction des musées de France ainsi qu’à Georges Henri Rivière.
Entre 1960 et 1975, six salles sont ouvertes et présentent de façon chronologique l’histoire de la Bretagne depuis la préhistoire.
En 1975-1976, le musée de Rennes a été partagé en deux, le musée de Bretagne d’une part et le musée des beaux-arts de Rennes d’autre part, chacun étant devenu une structure autonome.
En 1978, Jean-Yves Veillard, alors conservateur du musée de Bretagne, visite la ferme de la Bintinais. Il souhaite la transformer en écomusée. Le projet est accepté par la Ville de Rennes, et l’écomusée du Pays de Rennes ouvre ses portes en 1987.
Intégré au musée de Bretagne, il devient le témoin du passé rural et agricole régional. Ses collections sont communes avec le musée de Bretagne.
Il est décidé en 1987 que le musée de Bretagne, à l’étroit sur les quais de la Vilaine, prendra place dans un nouveau bâtiment.
En 2006, le musée de Bretagne intègre le nouveau bâtiment des Champs Libres.
Jean-Yves Veillard a été conservateur, puis directeur du musée (1967-2000). François Hubert (1983-2005), Jean-Paul Le Maguet (2006-2009), Pascal Aumasson (2009-2012) puis Céline Chanas (2013-) lui succèdent.
